Địa bàn xã Quảng Yên hiện nay trước đây vốn là ba xã: Năng Yên, Quảng Nạp, Thái Ninh.

Trước khi sáp nhập, xã Quảng Nạp có diện tích 5,83 km², dân số là 1.851 người, mật độ dân số đạt 317 người/km². Xã Thái Ninh có diện tích 7,30 km², dân số là 2.415 người, mật độ dân số đạt 331 người/km². Xã Năng Yên có diện tích 8,05 km², dân số là 2.575 người, mật độ dân số đạt 320 người/km².

Ngày 17 tháng 12 năm 2019, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết 828/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Phú Thọ (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 1 năm 2020)[1]. Theo đó, sáp nhập toàn bộ diện tích và dân số của ba xã Năng Yên, Quảng Nạp và Thái Ninh thành xã Quảng Yên.